臭氧发生器消毒灭菌的时间，按环境卫生指标中的菌落数要求，通过验证检查细菌数来确定，然后设置定时开机即可。在消毒的频次上，由于臭氧灭菌和臭氧还原可在2小时内完成，而化学药剂熏蒸与置换需较长时间，这样可以将化学药剂的定期消毒改为每班当天用臭氧消毒一次，即每天班前提前2小时，将风机泵和臭氧发生器开启，臭氧气体被均匀地输送扩散到空间中，进行微生物杀灭和分解异味等作用。
　　
　　利用空调送风系统的循环风作为臭氧的载体，即将空气消毒臭氧发生器生产的臭氧气体由空调系统中新风机产生的压力风源，输送和扩散至所控制的整个区域，并且可使空气中的臭氧浓度分布均匀。在空间环境中不用增加任何消毒措施，即可达到灭菌的目的;同时对空调系统的送风管道起到杀灭杂菌和霉菌的效果;实践发现该消毒灭菌方式还能对过滤器起到溶菌疏导作用，延长其使用寿命。安装在空调送风系统主管道中，只需在斡旋风机口接上输气管，新风系统工作时斡旋风机高速旋转产生强大的负压气流，通过负压将臭氧带入风道与新风进行混合再输送到各个消毒空间中。